Vi khuẩn thông thường có hình thể nhất định do vách tế bào xác định. Một số không vách (hình thức L) như Mycoplasma không có hình thể nhất định. Đường kính trung bình của vi khuẩn khỏang 1mm . Những đại diện nhỏ nhất như Mycoplasma có đường kính khỏang 0,1mm và những đại diện lớn hơn có kích thước hàng chục mm như Spirilium volutans 20mm. Các vi khuẩn gây bệnh có kích thước từ 0,2mm đến 10mm
Về hình thể người ta có thể chia vi khuẩn thành cầu khuẩn, trực khuẩn và vi khuẩn hình xoắn.
1. Cầu khuẩn:
Là những vi khuẩn hình cầu, hình trứng hay hình hạt cà phê
1.1. Micrococci (Đơn cầu)
Đây là những cầu khuẩn xếp hàng đều hoặc không đều, đó là những tạp khuẩn tìm thấy trong không khí và nước.
1.2. Diplococci (Song cầu)
Là những cầu khuẩn xếp từng đôi phân chia trong một mặt phẳng. Một số gây bệnh cho người như phế cầu, lậu cầu, cầu khuẩn màng não.
1.3. Stretococci (Liên cầu):
Là những cầu khuẩn xếp thành chuỗi ngắn hoặc dài. Một số lọai gây bệnh cho người như Streptococcus pyogenes thuộc nhóm A của Lancefield.
1.4. Tetracocci (Tứ cầu)
Các cầu khuẩn hợp thành 4, phân chia theo hai mặt phẳng, rất ít khi gây bệnh.
1.5. Sarcina (Bát cầu)
Các cầu khuẩn xếp thành 8-16 con, phân chia theo ba mặt phẳng, thường tìm thấy trong không khí.
1.6. Staphylococci (Tụ cầu)
Các cầu khuẩn hợp thành đám như chùm nho, phân chia theo mặt phẳng, một số loại gây bệnh cho người và thường phát triển nhanh chóng tính đề kháng với nhiều kháng sinh.
2. Trực khuẩn
Là những vi khuẩn có hình que thẳng.
2.1. Bacteria
Là những trực khuẩn hiếu khí, không tạo nha bào như vi khuẩn đường mật, vi khuẩn bạch cầu, vi khuẩn lao…
2.2. Bacilli
Là những trực khuẩn hiếu khí tuyệt đối tạo nha bào ví dụ trực khuẩn bệnh than.
2.3. Clostridia
Là những trực khuẩn kỵ khí Gram dương tạo nha bào, ví dụ trực khuẩn uốn ván, trực khuẩn ngộ độc thịt.
3. Vi khuẩn hình xoắn
3.1. Phẩy khuẩn
Chỉ có một phần của hình xoắn nên có hình dấu phẩy, ví dụ phẩy khuẩn tả.
3.2. Xoắn khuẩn
Có nhiều vòng xoắn, ví dụ xoắn khuẩn giang mai, Leptospira, Borrelia.
